Hola Carlos, puedes usar el metodo .toLowerCase() para almacenar la respuesta del usuario en minuscula
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N").toLowerCase();
o puedes almacenar la respuesta del usuario en mayusculas usando .toLowerCase
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N").toLowerCase();
Esta recomendacion es por si acaso el usuario coloca la respuesta en minuscula o mayuscula no tengas problema espero te sirva.
Concuerdo contigo Lauren, es recomendable implementar toUpperCase() o toLowerCase(), ya que permitira capturar la respuesta sin problemas. Yo aplique un código básico según la clase.