Puede haber variable de que sea menor emancipado.

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<h1> Podés conducir o no?</h1>

<script>

    function saltarlinea() {

        document.write("<br>")
        document.write("<br>")
        document.write("<br>")

    }

    function imprimir(frase) {

        document.write(frase);
        saltarlinea();

    }    

     function saltarLinea() {
        document.write("<br>");
    }

    function imprimir(frase) {
        document.write(frase);
        saltarLinea();
    }

   var nombre = prompt("Ingresa tu nombre" );

   var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));

   var licencia = prompt("¿Tenés licencia? Responde S o N (mayúsculas)");

    if((edad >= 18) && (licencia == "S")) {
            imprimir(nombre + " ,podés conducir");
        }
    if((edad >= 18) && (licencia == "N")) {
            imprimir(nombre + " , no podés conducir");
        }    
//También puede que esté emancipado y con permiso de los padres tenga una licencia antes de los 18, no?

    if((edad < 18) && (licencia == "S")) {
            imprimir(nombre + " ,podés conducir");
        }

</script>