for( var i = 1; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}Superman queda por fuera simplemente porque la variable del for inicia desde 1 y deberá iniciar desde el cero, para que pueda empezar desde la posición cero del array.
Deberia quedar así;
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}