Haciendo referencia a la clase, sabemos que las posiciones de los arrays estan dadas por sus indices, siendo superman la primera posicion pero de indice cero. Vemos que el ciclo for empieza en 1 (var i = 1) por lo tanto superman queda fuera.
//Incorrecto
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 1; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
//Correcto
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}