El problema del código de Felipe inicia asignandole el valor 1 a la variable i en el for, el cual va a empezar a imprimir los elementos del array heroes desde el índice 1, y no contará al índice 0 que contiene información del primer elemento del array. Por ello para resolver este problema puede asignar el valor 0 a la variable i en el for.
<meta charset="UTF-8">
<script type="text/javascript">
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
</script>