Estaba por publicar mi duda entre la distinción "S" o "s" donde sólo hacía caso a una de ellas, hasta que vi en el foro la sugerencia de toUpperCase() investigué un poco más y leí que hace que el texto se convierta en mayúsculas y si el usuario ingresa una "s" el código lo interpretará como "S" y no tendremos el error:
<meta charset="UTF-8">
<script>
    function saltarLinea() {
        document.write("<br>");
    }
    function imprimir(frase) {
        document.write(frase);
        saltarLinea();
    }
    var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
    var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");
    if (edad >= 18 && tieneLicencia.toUpperCase() == "S") {
        alert("Puedes conducir")
    } else {
        alert("No puedes conducir");
    }
</script>
 
            