Con lo aprendido hasta el momento pongo como podria quedar el código. Notese que la pregunta de si tiene licencia la puse dentro del condicional de edad, pues no tiene edad para conducir no necesita preguntar si tiene licencia. Saludos.
<meta charset="UTF-8">
<script>
function saltarLinea() {
document.write("<br>");
}
function imprimir(frase) {
document.write(frase);
saltarLinea();
}
var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
if(edad >= 18){
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");
if(tieneLicencia == "S" || tieneLicencia == "s"){
imprimir("Puedes conducir");
}else{
imprimir("No puedes conducir");
}
}else{
imprimir("No puedes conducir");
}
</script>