Como estudiante de Alura, puedo decir que es común enfrentar proyectos que van evolucionando a lo largo del curso, y es importante mantener un orden y una organización adecuada para no perder el rastro de los cambios y mejoras realizadas, de eso si estoy seguro.
para dividir el proyecto por aulas, es mejor usar la estrategia por versionado y tener las carpetas organizadas. tener una carpeta root para el proyecto donde almacenaremos los archivos y subcarpetas relacionadas. crea subcarpetas por aula, almacena el codigo en cada subcarpeta y muy importante, utiliza un sistema de versionado como Git, tambien como se nos recomienda en los cursos alura no olvides poner los commits en cada actualizacion para apoyarte de el y ver como hiciste otrabajaste durante ese cambio.