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Pregunta de mejores prácticas

Cual es la mejor practica, para ingresar el código JavaScript. Primero el script o el HTML? Para tener un código limpio.

O realmente no tiene relevancia?

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Primero es la estructura html. La estructura por defecto es:

<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
    <meta charset="utf-8">
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
    <title>Mi primera pagina</title>
</head>
<body>
</body>
</html>

Por ahora, el script va dentro de la etiqueta body, pero más adelante una buena practica es que todo el codigo js se escriba en un archivo diferente y se le una al archivo html con la siguiente línea de codigo:

<script src="nombredelarchivo.js"></script>

Esa es la manera más usada por los desarrolladores web

Muchas gracias.