Por qué no se me despliegan los popup?

Hola, no parece haber error visible. Algo que me sirve a mi es comentar las funciones asi se si tal parte es la del error, probalo y despues comparti que paso

Gracias!!

Hola Natalia, yo probé con el codigo pequeño, si sale el array con alerta.

<meta charset="UTF-8">

<script>

function accion()
{
        var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
        for( var i = 0; i < heroes.length; i++) 
            {
            alert(heroes[i]);
            }
}
accion();
</script>

Espero sea de ayuda.

:)

Buenas, a continuacion te dejo una variante de codigo para que corra el programa. Tu error esta en el if que arroja el alert en caso de errar. Asique simplemente copie tu estructura en caso de acertar que anda perfecto y listo.

<meta charset="UTF -8">

<input />

<button>Verificar si acertó con el secreto</button>

<script>

    //var secreto = Math.round(Math.random()*10);


    var secretos = [3, 5, 7, 9, 11, 13];

    var input = document.querySelector("input");
    input.focus();


    function verificar() {

        var encontrado = false;
        for (var posicion = 0; posicion < secretos.length; posicion++) {


            if (parseInt(input.value) == secretos[posicion]) {

                alert("Usted acertó");
                encontrado = true;
                break;

            }
        }
        if (parseInt(input.value) != secretos[posicion]) {

            alert("Usted erró");
            encontrado = false;

        }

    }
        input.value = "";
        input.focus();



        var button = document.querySelector("button");
        button.onclick = verificar;

</script>