Este es la ejecución normal. Luego de esto creo que se puede optimizar pero quería que manejara diferentes mensajes
<meta charset="UTF-8">
<script>
    function saltarLinea() {
        document.write("<br>");
    }
    function imprimir(frase) {
        document.write(frase);
        saltarLinea();
    }
    var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
    var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");
    if(edad<18)
    {
        imprimir("Aun o puedes conducir");
    }
    else
    {
        if(tieneLicencia=="S" || tieneLicencia=="s")
        {
            imprimir("Bienvenido, tu puedes conducir");
        }
        else
        {
            imprimir("para conducir necesitas una licencia");
        }
    }
</script> 
            