la variable i inicia en 1, y sabemos que en los arrays las posiciones inician en 0 es por eso que no toma en cuenta a superman
<script>
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 1; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
</script>