¡Hola Rene, espero que estés bien!
Para usar Project Explorer similar a Navigator, puedes seguir estos pasos: 
- Seleccione los 3 puntos en la misma línea de Project Explorer
 - Seleccione Filters and Customization
 - Desmarque las opciones .resources y Java output folders
 - Haga clic en Ok
 
En cuanto a las ventajas o desventajas de esta forma de organizar tus clases, puedo mencionarte algunas:
Ventajas:
- Mayor organización: al agrupar las clases relacionadas en un paquete específico, facilita la navegación y comprensión del código.
 - Mejor mantenibilidad: al tener una estructura clara y ordenada, es más fácil realizar modificaciones y actualizaciones en el futuro.
 - Mayor reutilización: al tener un paquete dedicado a un conjunto de clases, es más probable que puedas reutilizar esas clases en otros proyectos.
 
Desventajas:
- Posible impacto en las referencias: al mover las clases a un nuevo paquete, es importante asegurarse de que no haya referencias incorrectas o quebradas en otras partes del código.
 - Posible pérdida de referencias externas: si las clases que mueves tienen dependencias externas, es posible que debas actualizar esas referencias para que sigan funcionando correctamente.
 
Recuerda que estas son solo algunas consideraciones generales y pueden variar dependiendo del contexto específico de tu proyecto.
¡Espero haber ayudado y buenos estudios!
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