Es verdad esto acerca de la organización , es mejor tener una carpeta especial para los ejercicios , las buenas practicas son algo fundamental en la programación. En proyectos ya más grandes se maneja la arquitectura modelo, vista y controlador , en donde estas tres carpetas están en un proyecto y cada una almacena diferentes tipos de código , una para la interfaces graficas , otras para la representación de objetos en código y el controlador que dicta que acciones deben realizar el programa