y si quieres saber la cantidad anexar la variable cantidad y aumentarla después de imprimir el numero...
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<h2>PROGRAMA - IMPRIMIR LOS NUMEROS PARES DEL 1 AL 100</h2>
<script>
function saltarLinea() {
document.write("<br>");
document.write("<br>");
document.write("<hr>");
document.write("<br>");
}
function imprimir(frase) {
document.write(frase);
saltarLinea();
}
contador = 1;
cantidad = 0;
while(contador <= 100){
if(contador % 2 == 0){
imprimir(contador);
cantidad++;
}
contador ++;
}
imprimir("La cantidad de numeros pares son: " + cantidad);
imprimir("FIN");
</script>