¡Hola, espero que estés bien!
Entiendo tu situación. Parece que al clonar el repositorio en tu PC, estás teniendo problemas para que el nuevo proyecto quede dentro de la carpeta del repositorio. Para solucionar esto, asegúrate de seguir estos pasos:
Clona el repositorio desde GitHub a tu PC utilizando el comando git clone en la terminal o utilizando la opción de clonar en tu cliente de Git.
Después de clonar el repositorio, accede a la carpeta recién creada con el nombre del repositorio. Por ejemplo, si el repositorio se llama "mi-proyecto", deberías tener una carpeta con ese nombre.
Dentro de la carpeta del repositorio, crea tu nuevo proyecto o mueve el proyecto existente a esta carpeta.
De esta manera, tu proyecto estará dentro de la carpeta del repositorio y podrás trabajar en él como parte del repositorio clonado.
Espero que estos pasos te ayuden a resolver tu problema. ¡Buena suerte con tu proyecto y con Java! ¡Saludos!