En mi caso, trato de q sea simple, sin tantas variables, condiciones, etc. Por lo q pide el ejercicio, se soluciona sumando 2 al contador para mostrar los pares.
<script>
function imprimir(frase)
{
document.write(frase + "<br>");
}
var contador=2;
while(contador<=100)
{
imprimir(contador);
contador = contador + 2;
}
imprimir("Fin");
</script>