Hola Henry, espero estes bien.
El margin: es el espacio que hay entre el borde del div padre y el borde del div que estás trabajando. El margen no modifica el espacio del tamaño interior del contenedor que estas trabajando. OJO: no modifica el tamaño interior.
Ahora el padding: es el espacio que se deja dentro del contenedor que estes trabajando, este va desde el borde del contenedor hasta su contenido.
Y ahora tu pregunta:
Eso depende de lo que quieras lograr, porque si quieres que un boton en el responsive celular se vea mas grande, es mejor que le des mas padding y menos margin, pero en cambio en el resposive del desktop es mejor que el boton tenga un tamaño mas normal y que no ocupe mas espacio del que debe, es mejor quitarle un poco de padding y agregarle margin para alejarlo de los otros elementos.
El margin: aleja, centra y organiza elementos dependiendo de lo que quieras y como lo trabajes.
El padding: agrega espacio dentro del contenedor.
Espero que haya sido claro mi respuesta.