hola, estas asiganando el mismo nombre a los 2 objetos, deberia de modificar el nombre y debes acceder por el nombre de la variable(atributo)
Ejemplo:
// instanciamos el objetos el el nombre gerente01
Gerente gerente01 = new Gerente();
// para acceder a los atributos debemos usar el nombre asigando en este caso gerente01
gerente01.setNombre(nombre);
// ahora para el caso funcionario, instanciamos con el nombre funcionario01
Funcionario funcionario01 = new Funcionario();
// accedemos a su atributo con el mismo nombre
funcionario.setNombre(nombre);
espero te sirva