function verificar () {
var encontrado = false;
for (var posicion = 0; posicion < 4; posicion++){
if (parseInt(input.value) == secretos[posicion]) { // if (parseInt(input.value) == secretos[posicion]) solo parseas es el input.value
//y es posicion no position
alert ("Usted ha ganado");
encontrado = true;
break;
}
}
Tienes varios errores, como por ejemplo en el primer if escribiste mal el indice, escribiste position cuando es posicion.
En el segundo if, cuando escribes input.value, este debe ir entre parentesis solo porque antes de este va a ir otra funcion quete va a convertir en numero, debe ir así: if (parseInt(input.value)==secretos[posicion]){ aquí van las instrucciones}.
En el segundo if no debería ser if ( encontrado = false) sino que es if (encontrado==false).
De resto está todo bien, sigue así.
mira el codigo correcto: