El error está en la inicialización de la variable dentro del for, al iniciarse en 1 (índice dentro del arreglo) excluye del recorrido al índice 0, que en este caso corresponde a la posición ocupada por superman
<!DOCTYPE html>
<html lang="es">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
<title>Arrays</title>
</head>
<body>
</body>
<script>
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes .length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
</script>
</html>