He realizado cambios para que la función incluya el radio, de manera que este también sea una variable y el usuario pueda escoger el radio de cada círculo.
<canvas width="600" height="400"></canvas>
<script>
var pantalla = document.querySelector("canvas");
var pincel = pantalla.getContext("2d");
pincel.fillStyle = "lightgray";
pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);
function dibujarCirculo(x, y, radio, color) {
pincel.fillStyle = color;
pincel.beginPath();
pincel.arc(x, y, radio, 0, 2*3.14);
pincel.fill();
}
function dibujarFlor(x,y,r) {
dibujarCirculo(x, y+(2*r), r, "blue");
dibujarCirculo(x, y, r, "red");
dibujarCirculo(x, y-(2*r), r, "yellow");
dibujarCirculo(x-(2*r), y, r, "orange");
dibujarCirculo(x+(2*r), y, r, "black");
}
dibujarFlor(300,200,30);
</script>