Hola Florencia, me parece que sería mejor si se verificara la condición en el while, para que no te pregunte clave y contraseña aunque ya no te queden intentos.
Te dejo mi versión por si te interesa ver otras maneras de realizarlo.
Un Saludo!
<script>
var inicioDeSesionRegistrado = "Jose";
var contrasenhaRegistrada = "clave";
var intentosPosibles = 3;
while(intentosPosibles) {
var inicioDeSesionIngresado = prompt("Ingrese su usuario");
var contrasenhaIngresada = prompt("Ingrese su contraseña");
if( inicioDeSesionRegistrado == inicioDeSesionIngresado && contrasenhaRegistrada == contrasenhaIngresada ) {
alert("Bienvenido al sistema " + inicioDeSesionIngresado);
break;
} else {
alert("inicio de sesión inválido. Favor intente de nuevo. Le quedan " + (intentosPosibles - 1) + " intentos.");
intentosPosibles--;
}
}
</script>