MI CODIGO RECETARIO

Hola Caleb, espero que estés bien, disculpa la demora en contestarte.

Te dejo abajo tu código con algunas alteraciones y un comentario de lo que estaba pasando antes.

<meta charset="UTF-8">

<h1>Recetas de Armando</h1>

<script>

    var ingredientes = [];
    var cantidad = parseInt(prompt("¿Cuántos ingredientes vas a añadir?"));
    var contador = 1;


    while (contador <= cantidad) {
        var ingrediente = prompt("Informe el ingrediente " + contador);
        let encontrado = false;        
        for (let indice = 0; indice < ingredientes.length; indice++) { 
                if (ingrediente == ingredientes[indice]) {   
                    encontrado = true;
                    alert('ingrediente repetido ' + ingrediente);
                     break;

           }
     }


        if (encontrado == false) {
             ingredientes.push(ingrediente);
             contador++;  // tu contador no estaba dentro del bloque de código, entonces depués de encontrar el ingrediente repetido, el programa no continuaba executando

        }    

    }

    console.log(ingredientes);

</script>

Espero haberte ayudado. Un saludo!