Hola compañeros en donde puse la referencia es una operacion sencilla para cambiar el valor de la diferencia en el caso de que fuera un valor negativo, lo que hice fue indicarle al programa que si la diferencia de edad era un numero negativo entonces lo multiplicara por -1, esta operación convierte el numero a positivo, ya que si multiplicamos un numero negativo por -1 nos dara como relsultado el mismo numero pero positivo.

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    var mi_edad = 18;
    var edad_hermano = 20;

    function saltarLinea() {
        document.write("<br>");
    }

    function imprimir(frase){
        document.write(frase);
    }

    var diferenciaEdad = mi_edad - edad_hermano;

    if (diferenciaEdad<0){

        diferenciaEdad = diferenciaEdad * -1;      //referencia del aporte
        imprimir("Nuestra diferencia de edad es:" + diferenciaEdad);

    } else {

        imprimir("Nuestra diferencia de edad es:" + diferenciaEdad);

    }
</script>