Use .toUpperCase() para queel usuario puede introducir s minuscula o S mayuscula. Espero les sirva.
<meta charset="UTF-8">
<script>
function saltarLinea() {
document.write("<br>");
}
function imprimir(frase) {
document.write(frase);
saltarLinea();
}
var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N").toUpperCase();
if((edad >= 18) && (tieneLicencia == "S")) {
imprimir("Puedes conducir");
} else {
imprimir("No puedes conducir");
};
</script>
