Bueno aquí puse otro console.log para poder decifrar los repetidos.
<meta charset="UTF-8">
<h1>Recetas de Armando</h1>
<script>
var ingredientes = [];
var cantidad = parseInt(prompt("¿Cuántos ingredientes vas a añadir?"));
var contador = 1;
while( contador <= cantidad) {
var ingrediente = prompt("Informe el ingrediente " + contador);
var encontrado = false;
console.log(ingrediente);
for (var posicion = 0; posicion < ingrediente.length; posicion++){
if (ingrediente == ingredientes[posicion]){
encontrado = true;
alert("Ingrediente " + ingrediente + " Repetido");
break;
}
}
if (encontrado == false){
ingredientes.push(ingrediente);
contador++;
}
}
console.log(ingredientes);
</script>