Buenas tardes Karina, lo que veo de tu código es que no contempla si el usuario coloca que NO tiene licencia. Yo en mi código, contemple un if por si colocaba N por no tener licencia y me quedó de la siguiente forma.
<meta charset="UTF-8">
<h1>Licencia de Conducir</h1>
<script>
function saltarLinea() {
document.write("<br>");
}
function imprimir(frase) {
document.write(frase);
saltarLinea();
}
var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");
if(edad >= 18){
if(tieneLicencia == "S" || tieneLicencia == "s") {
imprimir("Puedes conducir");
}
}
if(edad >= 18){
if(tieneLicencia == "N" || tieneLicencia == "n") {
imprimir("No puedes conducir");
}
}
if(edad < 18) {
imprimir("No puedes conducir");
}
</script>
Espero te sirva. Saludos