la forma en la que yo pude ingresar números enteros con la función prompt fue la siguiente:
<!DOCTYPE html>
<html lang="es">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
<title>Primer pagina web</title>
</head>
<body>
<h1>Pagina full HD4k</h1>
<a href="http://www.aluracursos.com"> Alura Latam</a>
</body>
<script>
function saltarLinea(){
document.write("<br>");
}
function imprimir(frase,num1,num2){
saltarLinea()
document.write(frase+(num1+num2));
}
var nombre = prompt("Ingrese su nombre:");
var edad = parseInt( prompt("Hola "+nombre+","+" ingrese su edad:"));
imprimir("Señor "+nombre+", su edad el proximo año es:",edad,1)
</script>
</html>