Estimados, les comparto mi código en donde agregué unas lineas más a la explicación del profe, para que cuando el programa analice que la primer condición se cumple (valor de 3 en la primer posicion), no siga verificando los demás valores (5,7 y 9) de las otras posiciones. Ya que el profe agregó el break en el if para cortar el FOR y "salirse" al cumplirse la primer condición, pero a mi me siguió ejecutando para consultarme por los demás "secretos" faltantes, es decir, las demás posiciones.
Por lo tanto lo que hice fue agregar estas lineas al IF fuera del For:
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
    <meta charset="UTF-8">
    <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
    <title>Document</title>
</head>
<body>
    <h1>JUEGO SECRETO VERSIÓN 2</h1>
    <input/>
    <button>Verificar si acertó con el secreto</button> <!--Esto me va a comparar el valor del input con el valor secreto de Javascript-->
    <script>
        var secretos = [3,5,7,9];        
        var input =  document.querySelector("input"); 
        input.focus(); 
        function verificar(){
            var encontrado = false;
            for(var posicion = 0; posicion <= secretos.length; posicion++){
                if(parseInt(input.value) == secretos[posicion]){
                    alert("Usted ACERTÓ");
                    encontrado = true;
                    break;
                }
            }            
            if(encontrado == true){
                document.write("ESTAS ADENTRO!!!..ENCONTRASTE EL SECRETO!!!");
            }else{
                alert("Usted ERRÓ");
            }            
            input.value = ""; 
            input.focus(); 
        }
        var button = document.querySelector("button");        
        button.onclick = verificar;
    </script>
</body>
</html>
No sé si es lo correcto (al menos así lo interpreté yo) Saludos!
 
             
             
            