le coloque dos líneas en para que cuando uno acerté te reinicie el numero y te ponga el puntero en el input.
<meta charset="utf-8">
<input type="" name="">
<button>Verificar si acerto con el secreto</button>
<script type="text/javascript">
//var secreto= Math.round(Math.random()*10);
// arreglos
var secretos=[3,5,4,9];
var input=document.querySelector("input");
input.focus();
function verificar() {
var encontrado=false;
for (var posicion=0; posicion < secretos.length; posicion++) {
if (parseInt(input.value)==secretos[posicion]) {
alert("Ud acerto");
encontrado=true;
input.focus();
input.value="";
break;
}
}
if(encontrado==false){
alert("Ud no acerto");
input.value="";
input.focus();
}
}
var button= document.querySelector("button");
button.onclick=verificar;
</script>