Un cambio posible sería de esta manera:
<meta charset="UTF-8">
<script>
var inicioDeSesionRegistrado = "alura";
var contrasenhaRegistrada = "alura321";
for(var intentos = 1;intentos <= 3;intentos++) {
var inicioDeSesionIngresado = prompt("Ingrese su usuario");
var contrasenhaIngresada = prompt("Ingrese su contraseña");
if( inicioDeSesionRegistrado == inicioDeSesionIngresado && contrasenhaRegistrada == contrasenhaIngresada ) {
alert("Bienvenido al sistema " + inicioDeSesionIngresado);
break;
}
if (intentos < 3) {
alert("inicio de sesión inválido. Favor intente de nuevo");
}
}
if (intentos >= 3) {
alert("Fallo en 3 intentos, el sistema se bloqueo. Vuelva a intentarlo en media hora.");
}
</script>