Hacer el codigo mas funcional

Efectivamente, una opción seria hacer un arreglo vacío y hacerle push del imc y luego que tengas ese arreglo iterarlo para sacar el promedio, si lo haces por medio de otra funcion seria llamar esa funcion al final, algo tipo así:

    let arrayPromedio = []
        function calcularImc(peso, altura) {
            imc = peso / (altura * altura)
            arrayPromedio.push(imc)
            return imc
        }

la variable arrayPromedio declárala al incido del script y por ultimo si quiere sacar el promedio debes hacerlo al final después de llamar las funciones de calcularImc, si no la pones en una función y le pasas de parámetro el arreglo. sin función debes ejecutarlo al final, una vez que el arreglo ya este lleno, que seria después de que se ejecutan todos los calcularImc

let promedio = 0;
var i = 0, summ = 0, ArrayLen = ar.length;
        while (i < ArrayLen) {
            summ = summ + ar[i++];
        }
   promedio = summ / ArrayLen;

Si lo metes en una función seria el mismo código pero dentro de la función y pasarle de parámetro el arreglo y llamar esa función de promedio después de todas las funciones calculaImc, para que el arreglo ya este con todos los datos de imc.