¡Hola Anibal! Espero que estés teniendo un buen día. Respecto a tu pregunta, es posible que el problema esté relacionado con la configuración de la base de datos en H2 Console. Te sugiero que revises si estás conectándote a la misma base de datos que utilizas en tu aplicación Java. También puedes verificar si las tablas que no aparecen en H2 Console tienen datos en la base de datos.
Otra cosa que puedes intentar es revisar la configuración de H2 Console para asegurarte de que esté mostrando todas las tablas. Para hacer esto, puedes ir a la pestaña "Settings" en la página de inicio de H2 Console y verificar que la opción "Show all schemas" esté seleccionada.
Espero que estos consejos te ayuden a resolver tu problema. Si tienes alguna otra pregunta o necesitas más ayuda, no dudes en preguntar. ¡Espero haber ayudado y buenos estudios!