Usando solo los conceptos aprendidos lo hice así, agregué un IF mas solamente para el caso de que se ingrese minúscula.

<meta charset="UTF-8">

<script>
    function saltarLinea() {
        document.write("<br>");
    }

    function imprimir(frase) {
        document.write(frase);
        saltarLinea();
    }

    var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
    var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");

    if (edad >= 18) { 
        if (tieneLicencia == "S") {
            imprimir("Puedes conducir");
        }
        else {if (tieneLicencia == "s") {
                imprimir("Puedes conducir");
        }    
              else{imprimir("NO puedes conducir");}

             }
    }
    else {imprimir("NO puedes conducir");}

</script>