Hola.
Lo que entiendo es lo siguiente:
for hace todas la iteraciones hasta que no se cumpla la condición de que la variable posición sea menor a cuatro.
Si el primer valor que ingresas en el imput es 9, for itera con la variable posicion = 0 y la condición del if queda:
(parseInt( 9 ) == secretos[ 0 ])
o sea
9 = 3
¡No se cumple la condición del if!
Así que vuelve a iterar pero esta vez con "posicion = 1" porque "posicion++" le suma 1, esto lo hace hasta que la condición del if resulta en:
(parseInt( 9 ) == secretos[ 3 ])
o sea
9 = 9
¡Se cumple la condición del if!
Entonces entra y ejecuta el bloque que consiste en un alert() con el mensaje “Usted acertó” y la modificación de la variable “encontrado” por true.
Si ingresas 9 tres veces seguidas, las tres veces te dirá que acertaste porque cada vez que hagas clic en el botón de verificar hará las cuatro iteraciones hasta que en la cuarta se cumple la condición del if…
Si las dos horas que estuve tratando de entender no fueron en vano creo que es así… espero…