Yo también tuve problemas por errores de tipeo o de sintaxis, pequeñeces que impiden que el código se ejecute. Les dejo el mio que así como está a mi me funcionó. Copialo y ejecutalo.
<meta charset="UTF-8">
<input/>
<button>Verifica si acertaste</button>
<script>
var secreto = 5;
var input = document.querySelector("input");
function verificar() {
if(parseInt(input.value) == secreto){
alert("Usted acertó");
}
else {
alert("Usted erró");
}
}
var button = document.querySelector("button");
button.onclick = verificar;
</script>