Personalmente pienso que es un inconveniente manejar todas las funciones en un solo archivo js, primero que nada si pensamos en dar mantenimiento al código, esto ser volvería bastante tedioso, ya que el número de líneas de código seguirá creciendo conforme transcurre el tiempo y surjan nuevas necesidades. Para evitar esto aplicamos el famoso refrán que se aplica en programación: ** divide y vencerás** , aunque esto más se aplica al uso de funciones, bien podríamos hablar de lo mismo en este caso de dividir en varios archivos, podríamos dividirlos según su funcionalidad por ejemplo, obviamente asignando nombres bastante específicos y descriptivos a nuestros archivos, de esta forma podemos identificar rápidamente algún código que deseemos modificar o reutilizar de ser el caso, cuidando de no crear demasiados archivos ya que esto se podría volver más tedioso que beneficioso para nosotros.
También podríamos tener la práctica de comentar el código que generamos, así podemos nosotros o cualquier otro programador, saber qué realiza cada función o porción de código.
Considero que esto sería una buena práctica de programación para poder tener mejor control y organización de nuestro código.
Saludos a todos y a seguir estudiando y practicando.