Hola,
El problema fue que inició la variable contador o inicializadora en 1 y el índice de los arreglos inicia en 0, entonces lo que ocurrió es que "Superman" estaba en la posición 0 del arreglo. El código quedaría así:
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes .length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
