Ejercicio Simula sesion

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<h1>Ejercicio - Simula inicio Sesion</h1>
<script>

    var inicioDeSesionRegistrado = "alura";
    var contrasenhaRegistrada = "alura321";


    var intentos = 3;
    var contador =1;
    while(contador <= intentos){
        var inicioDeSesionIngresado = prompt("Ingrese su usuario");
        var contrasenhaIngresada = prompt("Ingrese su contraseña");

        if( inicioDeSesionRegistrado == inicioDeSesionIngresado && contrasenhaRegistrada == contrasenhaIngresada ) {
            alert("Bienvenido al sistema " + inicioDeSesionIngresado);
                break;
        } else {
                alert("inicio de sesión inválido. Favor intente de nuevo");
                }
        contador++;
    }
    document.write("fin");

este es el codigo que escribi de este ejercicio.- Ahora: no me quedo claro en que caso usar alert() o document.write() dentro de los bucles para que la ventana modal que se abre no me desbarate la secuencia del programa..