En este caso utilice el operador % para saber cuál número del contador era divisible entre 2 y obtener 0 como residuo, al pasar esto significa que ese número del contador es par.
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<h1> PROGRAMA PARA CALCULAR NUMEROS </h1>
<br>
<script>
    function saltarLinea()  {
        document.write("<br>");
        document.write("<br>");
        document.write("<br>");
    }
    function imprimir(frase){
        document.write(frase);
        saltarLinea();
    }
    var num = 1;
    while(num <=100){
        if ((num%2) == 0) {
            imprimir(num);
        }
        num++;
    }
    imprimir("FIN")
</script>