Hola Armando que tal?

Eclipse trabaja bajo el concepto de workspace o espacio de trabajo, que se refiere a ese espacio "físico" en tu disco duro donde se almacenan todos los archivos referente a tu proyecto, por defecto usaste esta ruta para definir ese espacio físico en tu disco "C:\Users\usuario\eclipse-workspace". Cada que crees un proyecto nuevo va aparecer en esta carpeta, si intentas abrir un proyecto que está en una carpeta diferente a tu workspace actual puede generar esos problemas que tuviste.

Una solución en caso de que desees guardar tus proyectos en tu disco D es que Eclipse trabaja sobre el concepto de múltiples espacios de trabajo. Esto significa que puedes tener tantos espacios de trabajo como desees mientras usas el mismo Eclipse. Lo único que tienes que hacer es, al iniciar la aplicación, informar una dirección diferente, y este otro espacio de trabajo se creará automáticamente como en la siguiente imagen

Ahora en vez de elegir el predeterminado puedes crear otro con la ruta "D:\AluraONE\JavaONE\JavaProyects" y puedes alternar entre ellos.

Sin embargo hay algunos conceptos importantes a considerar si trabajas con más de un espacio de trabajo

• Al crear un nuevo espacio de trabajo, este se resetea, es decir, tu entorno vuelve a ser como se usó al principio, apareciendo una pantalla de bienvenida;
• Puedes moverte entre espacios de trabajo tanto como quieras y el contenido de ambos se guardará con cada nuevo acceso;
• Ten cuidado con tener demasiados espacios de trabajo, esto puede perjudicate, especialmente si accedes al mismo proyecto en más de un espacio de trabajo al mismo tiempo.

Gracias por responder, seguiré usando la ruta por default que se crea en la instalación de Eclipse y mas adelante probare usando una ruta diferente