Hola Miriam,
No es necesario que los cambios esten en la misma carpeta, pero si es necesario que estén en el mismo proyecto para que git pueda detectar los cambios y tu puedas agregarlos, confirmar y mandar tus cambios al repo remoto (sí eliges BackEnd con Java manejamos varias carpetas para crear diferentes capas de una API REST y git te detecta cada uno de los cmabios porque todos pertenecen al mismo proyecto).
El ingreso de las credenciales me parece que si es necesario si tienes configurado con seguridad tu repositorio local, sino no es necesario.
Para agregar una rama nueva sí sería necesario ejecutar git branch nombre_de_tu_nueva_ramma y luego con git checkout nombre_de_tu_nueva_ramma para ubicarte en tu nueva rama.