con un if se arreglaria creo
var nombre = prompt("¿Cuál es tu nombre?");
var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
var tieneLicencia = N;
if (edad > 18) {
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N.");
}
if (edad < 18) {
imprimir(nombre + ": usted no tiene la edad permitida para manejar.");
} else if (edad >= 18 && tieneLicencia === 'N') {
imprimir(nombre + ": usted tiene la edad permitida, pero carece del permiso para manejar.");
} else {
imprimir(nombre + ": usted tiene la edad permitida y el permiso para manejar.");
}