Solucionado
En el error inicial que se generaba en donde no calculaba los valores de empate, yo al código en vez de usar parseInt, solamente coloque al valor empate el *1 y con ello me calculaba de manera correcta, este uso si sería adecuado ?
var victorias = prompt("informe la cantidad de victorias");
var empates =prompt("informe la cantidad de empates");
var puntosTotal = victorias * 3 + empates *1;
parseInt segun el video es para convertir texto en numero.
Es correcto, el parseInt te convierte de texto a número, con esta función cuando ingresas el dato solicitado por el usuario lo convierte permitiendo tener una formula correcta , de lo contrario tu tendrías que ingresar la información manualmente, lo cual no es la idea ya que lo que necesitamos es que el usuario proporcione esa importación que no siempre es la misma y nos de el resultado automaticamente.