Hola Patricio,
No hay ningún inconveniente en utilizar el mismo repositorio que has creado para tomar apuntes para el Challenge Encriptador. Puedes organizar tus archivos y carpetas de manera que puedas diferenciar los apuntes de los archivos relacionados con el challenge.
En caso de que necesites crear más GitHub Pages en el futuro, puedes hacerlo sin problemas. Puedes crear una nueva rama en tu repositorio y configurar una página de GitHub para esa rama específica.
Recuerda que GitHub Pages te permite publicar sitios web estáticos de manera gratuita, por lo que puedes aprovechar esta funcionalidad para mostrar tus proyectos y ejercicios en el futuro.
Espero haber resuelto tu duda. Si tienes alguna otra pregunta, no dudes en preguntar.
¡Saludos cordiales y buenos estudios!
Si este post te ayudó, por favor, marca como solucionado ✓. Continúa con tus estudios! :)