Hola Ana María,

Claro, de hecho el código podría terminar a partir de que la persona responde que no es mayor de edad, podría quedar algo así:

<meta charset="UTF-8">

<script>
    function saltarLinea() {
        document.write("<br>");
    }

    function imprimir(frase) {
        document.write(frase);
        saltarLinea();
    }

    var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));

    if(edad >= 18) {  //a partir de aquí, si se contesta algo menor a 18 años, te enviará al mensaje de que no puedes conducir, si es mayor a 18 años, continuará a la siguiente pregunta.

        var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");

        if(tieneLicencia == "S")  { // Si se contesta algo diferente a "S", te arrojará el mensaje de que no puedes conducir.

            imprimir("Puedes conducir");

        }

        else {

           imprimir("No puedes conducir");
        }


        }

    else {

        imprimir("No puedes conducir");

     }

</script>

Tal vez a partir de aquí se podría encontrar alguna forma más optimizada, pero puede ayudarte.

Saludos.

Debes darle una ,ejor instrucción al código.

if (edad < 18) {
        if (tieneLicencia = "N" {  // te falto este condicional, pues así cuando la persona responde "N" automáticamente saldrá que no puedes conducir
            imprimir("No puedes conducir")
        }
    }