[duda] Sera que puedo conducir?

Luego del texto que tienes en el prompt, agrega lo siguiente: .toUpperCase() ó .toLowerCase() Lo que hace es convertir el texto recibido a mayúscula o minúscula, en tu caso que preguntas por la respuesta en mayúscula ("S" ó "N") usarías .toUpperCase(), así:

var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N").toUpperCase(); Entonces es indiferente cómo lo ingrese el usuario porque siempre lo convertirá a mayúscula.

Si en los condicionales preguntaras en minúscula ("s" ó "n") usarías la otra opción: var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N").toLowerCase();

Al final todo lo demás que tienes está bien, quedando así:

<meta charset="UTF-8">
<h1>Licencia de conducción</h1>
<script>
    function saltarLinea() {
        document.write("<br>");
    }

    function imprimir(frase) {
        document.write(frase);
        saltarLinea();
    }

    var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
    var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N").toUpperCase();


    if (edad < 18) {
        imprimir("No puedes conducir hasta tener 18");
    }
    if (edad >= 18 && tieneLicencia == "S") {
        imprimir("Puedes conducir");

    }
    if (edad >= 18 && tieneLicencia == "N") {
        imprimir("No Puedes conducir hasta tener licencia");

    }
</script>