Hola Gerardo, espero que estés bien.
Sí, es posible tener varios archivos en el área de preparación (staging area) que pertenecen a diferentes repositorios. Cada repositorio en Git tiene su propio área de preparación y su propia historia, por lo que es posible trabajar en varios repositorios al mismo tiempo y hacer commits y actualizaciones independientes en cada uno.
Sin embargo, es importante tener en cuenta que al hacer un push o pull, se estará haciendo en relación a un repositorio remoto específico. Es decir, para subir cambios de un repositorio local a un remoto, debes especificar cual es el remoto al cual se quiere subir.
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¡Saludos!
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