[Duda] Problemas console.log

Claro, lo que pasa es que tu console.log está dentro del if que solo se ejecuta cuando la comparación es verdadera.

Por eso, si numeroUsuario no es igual a numeroSecreto, el bloque else se ejecuta y el console.log nunca se alcanza.

debería ser:

let numeroSecreto = 5;
let numeroUsuario = prompt("Me indicas un número entre 1 al 10 por favor:");

console.log(numeroUsuario);
console.log(`Resultado comparación:`, numeroUsuario == numeroSecreto);

if (numeroUsuario == numeroSecreto) {
    alert(`Acertaste, el número es ${numeroUsuario}.`);
} else {
    alert("Lo siento, no acertaste.");
}

Tal cual como comenta Estudiante la razón es correcto, sin embargo, más allá de este caso, también es oportuno aprender las comparaciones estrictas en JavaScript.

si comparas 5 == '5', te va a devolver true.
si comparas 5 === '5' te va a devolver false.

Te invito a revisar el material que puedas conseguir con respecto a esto, ya que te ahorrarás problemas en tus desarrollos futuros.

Tu console.log está dentro del if, por eso solo aparece cuando la condición es verdadera. Ponlo fuera del if para que siempre se ejecute. También te recomiendo usar comparación estricta (===) para evitar problemas con tipos de dato